재단법인의 설립은 ① ‘재단법인 설립준비’, ② ‘재단법인 설립허가’, ③ ‘재단법인 설립등기’④ ‘법인설립신고 및 설립등기보고 등’의 단계로 진행된다.  

비영리재단법인의 설립준비 단계에서는 설립자가 일정한 재산을 출연하고, 법인의 명칭 및 목적을 정한 후,「민법」 제43조에 따라 정관을 작성해야한다.

비영리재단법인은 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 설립해야 한다(「민법」 제32조). "영리 아닌 사업"이란 개개의 구성원의 이익을 목적으로 하지 않는 사업을 말하며, 반드시 불특정 다수의 공익을 목적으로 하는 사업을 의미하는 것은 아니다.

재단법인을 설립하고자 하는 사람은 재산을 법인에 출연해야 하는데 출연자는 1인이어도 상관없다. 따라서 비영리재단법인을 설립하려는 설립자는 법인에 출연할 재산을 마련해야 하고, 그 재산의 종류에는 제한이 없다.

- 재산출연자의 생전처분(生前處分)으로 재산을 출연하는 경우 : 재산출연자가 살아있는 동안 비영리재단법인을 설립에 재산을 출연하는 경우 그 재산은 법인의 설립등기 시부터 법인의 재산으로 된다(「민법」 제33조, 「민법」 제47조제1항 및 「민법」 제48조제1항).

- 재산출연자의 유언(遺言)으로 재산을 출연하는 경우 : 재산출연자가 유언으로 비영리재단법인을 설립하는 경우 그 재산은 재산출연자의 사망으로 유언의 효력이 발생하는 때부터 법인의 재산으로 된다(「민법」 제47조제2항 및 「민법」 제48조제2항).

비영리재단법인의 사업목적을 정한 후에는 설립할 법인의 명칭을 정해야 한다. 법인의 명칭은 사업목적을 나타낼 수 있는 명칭을 정해야 하고, 설립할 법인의 명칭이 기존의 법인의 명칭과 동일한지 여부도 확인해야 한다. 동일명칭의 확인방법은 대한민국 법원 인터넷등기소에 접속하여 확인가능하다.

"정관"이란, 비영리재단법인의 구성·운영 등의 사항을 정한 근본규칙으로 서면에 기재되고, 설립자의 기명날인이 있는 서면이다. 법인은 정관에 기재된 내용에 따라 법인을 구성·운영해야 하며, 법인설립허가를 신청할 때에 정관을 주무관청에 제출해야 한다.

○ 정관기재사항

정관기재사항 비영리재단법인의 정관은 아래의 사항들 모두를 기재해야 하고, 아래의 사항 중 하나라도 빠지면 정관으로서 효력이 생기지 않는다(「민법」 제40조).

① 목적 
② 명칭 
③ 사무소의 소재지 
④ 자산에 관한 규정 : 자산의 종류·구성·관리·운용방법·회비 등에 관한 사항을 기재
⑤ 이사의 임면에 관한 규정 

※ 비영리재단법인은 비영리사단법인과 달리 ‘사원자격의 득실에 관한 규정’, ‘존립시기나 해산사유를 정하는 때에는 그 시기 또는 사유’는 필수적 기재사항이 아님.

※ 위의 사항 이외의 사항도 정관에 기재할 수 있으며, 정관에 기재된 사항들 모두는 법인이 지켜야 할 사항임.
- 설립자가 그 명칭, 사무소 소재지 또는 이사 임면의 방법을 정하지 않고 사망한 때에는 이해관계인 또는 검사의 청구에 의하여 법원이 이 사항들을 정함(「민법」 제44조).

※ 정관기재 시의 유의사항
- 명칭사용에 특별한 제한은 없고,「재단법인」이라는 명칭을 쓰지 않아도 무방함. 
- 사무소가 수개일 때에는 이를 모두 기재하여야 하고 주된 사무소를 정하여야 함(실무적으로 도로명과 건물번호, 건물명, 호수까지 모두 기재).
- 이사의 임면방법에 관한 규정, 즉 이사의 수, 자격, 임기, 선임과 해임 방법 등에 관한 사항은 반드시 기재.
- 비영리법인의 이사는 반드시 사원총회에서 선임하도록 하지 않아도 되고, 사원이 아닌 자를 이사로 선임할 수 있도록 규정하여도 무방.
- 이사회는 필요기관이 아니라 정관의 규정에 의하여 설치할 수 있는 임의기관(민법에 근거 없음).
- 사원자격의 득실에 관한 규정에서 절대로 퇴사를 인정하지 않는다거나 퇴사의 조건으로 부당한 위약금을 정하는 것과 같은 정관규정은 사회질서에 반하는 규정으로 무효.
-「감사」는 민법상 법인에는 임의기관. 공익법인법상 공익법인에는 필요기관.

○ 설립자의 기명날인과 창립총회를 통한 제정

비영리재단법인은 설립자(재산출연자)가 정관을 작성하여 기명날인하면 정관은 확정된다.

사람들로 구성되는 기관이 법인의 의사를 결정하고 내부적으로 법인의 사무를 처리하며, 외부적으로는 법인을 대표하는 사람들을 '법인의 기관'이라 한다. 

재단법인의 경우, 사단법인과는 달리 사원이나 사원총회는 없고 이사가 의사결정·업무집행·대외대표의 일을 한다. 비영리 재단법인은 기관으로 '이사'를 반드시 두어야 하고, '감사'는 둘 수도 있고 안 둘 수도 있다.

비영리 재단법인은 설립자(재산출연자)가 다수인 경우 창립총회에서 정관을 만들거나 임원 선임에 대한 재산출연자들의 의사를 결정하며, 재산출연자가 1인인 경우에는 창립총회를 개최하지 않아도 된다.

"창립총회"란, 단체를 구성하기 위해 단체를 구성하는 일에 대한 경과를 보고하고, 임원 선임, 정관의 채택 등과 같은 의사결정을 위한 모임이다. 비영리재단법인은 설립자가 작성한 정관의 확정 및 정관규정에 따른 임원 선임 등을 창립총회에서 결정하며, 단체구성원인 사원이 발기인과 동일한 경우에는 발기인총회가 창립총회로 된다.

설립하려는 법인의 목적사업을 관할하는 행정관청(주무관청)을 확인한다. 주무관청을 확인하기 위해 「정부조직법」과 각 부·처·청의 직제 및 직제시행규칙 등을 살펴 업무소관을 검토한 후 「행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정」 등을 검토하여 그 업무의 위임여부를 따져보아야 한다. 예를 들면, 학술목적의 법인을 설립하는 경우에는 교육부, 자선목적의 법인을 설립하는 경우에는 보건복지부가 주무관청이 된다. 다만, 법인이 목적으로 하는 사업을 관할하는 행정관청이 둘 이상인 때에는 그들 모두가 주무관청이 된다.

설립하려는 법인의 주무관청을 확인한 후 각 주무관청이 정한 설립허가 신청서류를 갖추어  법인설립허가를 신청한다.

○ 제출서류

‣ 설립허가신청서
‣ 설립발기인의 인적사항을 적은 서류 1부 
√ 비영리재단법인의 경우에는 정관에 기명날인한 사람의 인적사항을 기재.
‣ 정관 1부 
‣ 재산목록 및 그 입증서류 각 1부
‣ 재산출연의 신청이 있는 경우에는 그 사실을 증명하는 서류 1부
√ 법인 설립시 기본재산으로 출연한 재산, 무상으로 취득한 재산, 회계연도 세계잉여금으로 기본재산에 편입된 재산과 이사회에서 기본재산으로 정한 재산을 기본재산으로 하고, 그 밖의 재산을 운영재산으로 함.
‣ 사업계획 및 수지예산을 기재한 서류 1부
√ 사업의 기본방향, 추진사업, 주요사업별 추진일정 및 소요예산, 수지예산서를 기재.
‣ 임원취임 예정자의 인적사항을 적은 서류 1부
‣ 취임승낙서 1부
√ 비영리재단법인은 정관이 정한 절차에 따라 임원을 선임.
√ 임원취임자의 취임승낙의사와 인적사항, 직위와 취임기간을 기재.
‣ 창립(발기인)총회 회의록 1부
√ 회의록에는 설립취지, 정관의 심의·의결, 임원선출, 재산출연 및 수증에 관한 사항, 사업계획서 및 수지예산서 등의 의결에 관한 사항이 포함되고, 발기인 전원이 기명날인.
√ 회의록 각 면과 면 사이에 발기인 전원이 간인.

주무관청에 따라 허가요건이 다를 수 있으나, 대체로 법인설립의 필요성, 법인의 목적과 사업의 실현가능성, 법인 명칭의 유사성, 재정적 기초의 확보가능성 등을 허가요건으로 판단한다.

○ 법인설립의 필요성

법인의 설립목적과 활동사업의 독자성, 전문성, 비영리성, 합법성 등을 종합적으로 고려하여 법인설립의 필요성을 검토한다.

○ 법인의 목적과 사업의 실현가능성

허가신청을 한 법인설립의 주된 목적이 막연하거나 추상적이지 않은지, 구체적이고 실현가능한 목적인지를 검토한다. 또한, 목적사업의 수행을 위한 상근직원의 여부 및 독립된 사무실 등의 재정적 뒷받침도 검토한다.

○ 법인명칭의 유사성

법인의 명칭이 기존법인의 명칭과 동일한 경우에는 법인설립이 허가되지 않기 때문에 유사명칭이 있는지를 확인한다.

○ 재정적 기초의 확보가능성

법인에 출연된 재산의 평가가 적절하게 평가되었는지, 또는 부동산의 경우 등기하여 재산권을 확보할 수 있는 지를 검토하며 비영리재단법인의 경우, 출연된 재산이 법인 설립등기 즉시 법인으로 이전될 수 있는지, 재산출연 절차에 문제가 없는지, 출연된 재산이 활용가능한지를 검토한다.

특별한 사유가 없으면, 주무관청은 일정기간 내에 설립신청사항을 심사해 허가를 하거나, 허가를 하지 않는 등의 처분을 내린다. 허가 또는 불허가 처분은 서면으로 설립허가 신청인에게 통지된다.

※ 설립허가 이후 ① 법인의 명칭 변경, ② 사업내용 변경, ③ 허가조건 변경, ④ 소재지 변경, ⑤대표자 변경 등이 발생하는 경우, 주무관청은 그 적정성을 검토하여 설립허가증을 재발급하거나 발급된 허가증에 변경사항을 기재하여 설립허가 신청인에게 통보한다.

간혹, 주무관청은 법인설립허가에 조건을 붙여 법인설립허가를 해주는 경우(예. ‘법인의 목적과 관련이 없는 수익사업을 하지 말 것’ 등)도 있다.

설립허가 받은 비영리재단법인은 주된 사무소의 소재지를 관할하는 법원등기소에 설립등기를 함으로써 법인으로 성립된다(「민법」 제33조).

설립허가를 받은 신청인은 법인설립허가가 있는 때부터 3주 이내에 법인의 주된 사무소 소재지를 관할하는 법원에 설립등기를 해야 한다(「민법」 제49조제1항).

법인을 대표할 사람(재산출연자)이 등기신청인이 되며, 법인의 이사들은 각자 대표권이 있으므로 등기신청을 할 수 있으나, 대표권을 제한 받는 이사의 경우에는 등기를 신청할 수 없다(「비송사건절차법」 제63조).

○ 설립등기신청서류의 작성, 제출

‣ 설립등기신청서

설립등기를 하기 위해서는 설립등기신청서에 아래의 사항을 기재하여 신청인이 기명날인해야 한다.
- 목적/명칭/사무소/설립허가의 연월일/존립시기나 해산사유를 정한 때에는 그 시기 또는 사유/자산의 총액/출자의 방법을 정한 때에는 그 방법/이사의 성명, 주소/이사의 대표권을 제한한 때에는 그 제한/신청인의 성명 및 주소/대리인에 의하여 신청할 때에는 그 성명 및 주소/등기의 목적/법원 또는 행정기관 등의 허가가 필요한 사항의 등기를 신청하는 경우에는 허가서의 도달연월일 
* 이사와는 달리, 감사의 성명·주소는 등기사항이 아님

‣ 설립등기 신청서류

- 법인정관/이사의 자격증명서/취임승락서/인감증명서/주민등록표등(초)본/주무관청의 설립허가서 또는 인증이 있는 허가서 등본/자산총액증명서(재산목록)/인감신고서/등록면허세영수필확인서/위임장/법인인감카드발급 신청서
*법인설립시 선임되는 이사는 정관에 정해져 있기 때문에 별도의 이사의 자격증명서를 제출하지 않아도 되지만, 정관에서 정해지지 않은 경우에는 창립총회의사록 및 취임승낙서 등을 제출해야

○ 등록면허세 등의 납부 

등록에 대한 등록면허세는 과세표준금(자산의 총액)의 1000분의 2이고, 지방교육세는 등록면허세액의 100분의 20(「지방세법」 제151조제1항제2호)을 납부해야  한다. 다만, 대도시(「수도권정비계획법」 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역을 말함)에서 법인을 설립하는 경우에는 그 등록면허세의 3배가 가산한다(「지방세법」 제28조제2항).
* 법인설립과 함께 분사무소를 설치하는 경우에는 분사무소 설치에 대한 등록면허세 매 건당 40,200원도 함께 납부.

-「조세특례제한법」, 「관세법」 및 「지방세법」에 의해 등록에 의한 등록면허세가 감면되는 경우에는 농어촌특별세는 그 감면되는 등록면허세의 100분의 20을 납부 한다(「농어촌특별세법」 제5 조제1항).

법인의 설립허가를 받은 자는 설립등기를 한 날로부터 2개월 이내에 소재지 관할세무서에 법인설립신고를 하여야 한다(법인세법 제109조 제1항).
- 법인설립신고서 기재사항 : 법인의 명칭과 대표자의 성명/본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소의 소재지/사업 목적/설립일

설립허가를 받은 법인은 법인설립허가 신청할 때 제출했던 재산목록에 따른 재산을 법인에게 이전하고 일정 기간 내에 그 이전을 증명하는 등기소 또는 금융기관의 증명서를 주무관청에 제출해야 한다(예,「 국방부 및 그 소속청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」 제5조제1항).
- 증명자료 : 부동산의 소유권 이전등기, 예금 등의 법인 명의로의 금융기관예치, 주식의 명의개서, 각종 재산권의 권리이전 등 

주무관청으로부터 허가를 받은 법인은 법인 설립등기를 하였을 때에는 일정 기간 내에 법인 등기사항증명서 1부를 제출해야 한다(「국방부 및 그 소속청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」 제5조제2항)

법인이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일이내에 사업장 관할 세무서장(다른 세무서장에게도 가능)에게 사업자등록을 하여야 한다.
- 비영리 내국법인(본점)의 경우 제출서류 : 법인설립신고 및 사업자등록신청서/정관사본/법인등기부 등본/(법인명의)임대차계약서 사본(사업장을 임차한 경우)/허가(등록, 신고)증 사본(해당 법인)/주무관청의 설립허가증 사본

*<자료출처> 법제처 찾기쉬운생활법령정보(http://oneclick.law.go.kr) 등