○ 종교법인은 민법에 기반을 둔 비영리 재단법인 또는 사단법인의 형태로 설립할 수 있는데 주무관청은 법인의 주사무소 소재지관할의 특·광역시,도청이며 대체로 문화진흥관련 부서에서 담당하고 있다. 다만, 활동범위가 3개 이상의 특별시, 광역시, 도에 걸치는 법인의 경우는 문화체육관광부에 허가신청을 하여야 한다.

○ 재단법인 또는 사단법인의 차이는 다음표과 같은 점에 유의하여 그 특징을 잘 살려 설립하는 것이 좋으며 재단법인의 설립하가 시는 사단법인에 비해 엄격심사를 하므로 사전에 여건구비에 철저를 기하는 것이 바람직하다.

○ 설립시 기본재산으로 출연되는 재산이 사단법인 운영에 필수적으로 필요한 일정규모 이상을 확보토록 함(경기, 인천의 경우 30명 이상)
    - 회비 등으로 안정적인 재정운영이 가능한 경우에는 이를 감안하여 기본재산의 적정 여부를 검토

○ 사단법인의 필수 구성요소인 사원의 수와 자격, 년 회비 액수의 적정성, 회비 징수방법 등을 면밀히 검토하여 법인운영의 실효성이 확보되도록 함

○ 설립시 기본재산으로 출연되는 재산은 일정규모 이상으로 목적사업 수행을 위해 매년 적정 수익률이 유지될 수 있도록 함
    - 법인 목적사업비와 운영비가 많이 필요치 않는 경우와 매년 고정적인 수입(찬조금 등)이 예상되는 경우에는 이를 감안하여 기본재산 적정 여부를 검토

 ○ 출연재산이 법인설립등기 즉시 법인으로 이전 가능한지 여부와 재산출연 절차상 문제가 없는지, 출연재산의 활용 가능여부를 검토
    ※ 출연재산이 절대농지 등 법인 소유로서 불가능하거나 적정치 않는 경우(유흥업소 등)는 곤란
  ◦부동산 임차보증금은 원칙적으로 기본재산에서 제외(단, 액수가 많은 경우에는 그러하지 아니함)

○ 법인의 설립허가를 받고자하는 자(이하 "설립발기인"이라 한다)는 별지 서식에 의한 법인설립허가신청서(전자문서로 된 신청서를 포함한다)에 다음 각호의 서류(전자문서를 포함한다)를 첨부하여 "주무관청"에 제출하여야 한다.(문화체육관광부 및 문화재청소관비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙) 

- 설립발기인의 성명ㆍ주민등록번호ㆍ주소 및 약력을 기재한 서류(설립발기인이 법인인 경우에는 그 명칭, 주된 사무소의 소재지, 대표자의 성명ㆍ주민등록번호ㆍ주소와 정관을 기재한 서류) 1부

- 정관 1부
ㆍ임원은 가급적 특수관계가 아닌 자로 하고 이사(이사장 포함) 5인, 감사 1인 이상이 확보되도록 한다. 
ㆍ상근 임직원이 1명 이상이 될 수 있도록 한다.

- 재산목록(재단법인에 있어서는 기본재산과 운영재산으로 구분하여 기재하여야 한다) 및 그 입증서류와 출연의 신청이 있는 경우에는 그 사실을 증명하는 서류 각1부

- 당해 사업연도분의 사업계획 및 수지예산을 기재한 서류 1부

- 임원 취임예정자의 성명ㆍ주민등록번호ㆍ주소 및 약력을 기재한 서류와 취임승낙서 각 1부

- 창립총회회의록 (설립발기인이 법인인 경우에는 법인설립에 관한 의사의 결정을 증명하는 서류) 사본 1부

*위 서류는 설립에 필요한 대표적인 서류로 실제 설립에서는 추가적 서류가 요구된다. 

○ 법인의 목적과 사업이 실현가능할 것(실현가능성)
- 목적사업은 추상적인 사업을 지양하고 구체적이고 실현가능성이 있어야 한다.(종교활동실적, 사업계획의 구체성, 사무실확보, 상근인력확보등) 

○ 목적하는 사업을 수행할 수 있는 충분한 능력이 있고, 재정적 기초가 확립되어 있거나 확립될 수 있을 것
- 특히 재단법인의 경우는 목적사업을 수행할 수 있는 기본적인 재산이 있어야 함(문화체육관광부 내부적으로 대략 30억원 이상 요구하나 (지역에 따라 다르지만 서울, 경기는 30억, 인천은 9억, 충북의 경우20억)  임대보증금은 기본재산으로 할 수 없음. 출연재산은 완전재산(근저당, 가압류등이 없어야 한다.)이라야 하고 법인명의로 즉시 소유권이전등기가 가능하여야 함.) 

○ 다른 법인과 동일한 명칭이 아닐 것(독자성과 전문성)
- 기존법인과 동일한 명칭은 불허, 법인의 명칭과 목적, 소재지, 사업내용 등이 체계적으로 부합하여야 함.

○ 법인의 목적이 비영리일 것(비영리성) 영리사업을 목적으로 종교법인을 설립할 수 없다.

1. 국익에 반하거나 외교적분쟁의 소지가 있는 경우
2. 이단 사이비등 문제성 있는 종교로서 사회적으로 물의를 일으킨 경우
3. 법령에 위반하여 공익을 저해하거나 사업운영상 각종 인허가를 취득하지 못한 경우
4. 1개 교회, 사찰, 성당등이 자체만의 조직과 재산으로 법인을 설립하려는 경우(단, 일정규모이상의 대규모는 제외)
** 주의할 점은 재단법인인 유지재단의 경우 고액의 기본자산을 출연하더라도 산하에 일정 규모의 조직이 구비되지 않으면 허가를 받을 수 없게 된다. 

○ 관할 특별시, 광역시, 도로부터 종교법인설립허가를 받은 후(허가서가 도착한 날로부터) 3주이내에 주된 사무소를 관할하는 등기소에 법인설립등기를 하여야 한다. 종교법인의 등기신청절차, 등기사항등은 일반적인 재단법인이나 사단법인의 절차와 같다. 설립등기 후에는 그 결과를 주무관청에 보고하여야 한다. 등기시의 등록세에 관하여는 자산총액의 2/1,000원이고 서울등 대도시권역에서 설립하는 경우 등록세 중과규정이 적용되어 자산총액의 6/1,000원(3배 가산)의 등록세를 납부하여야 한다(지방교육세는 등록세의 20/1,000).