2015. 5. 현재 약 140여개의 법률에서 이의신청, 심사청구, 재심사청구, 심판청구 등 넓은 의미의 이의신청제도를 두고 있다. 

이의신청은 행정청의 처분이나 부작위에 대하여 당해 행정청에 다시금 불복을 제기하여 권리구제를 강구하는 제도로, 특별행정심판 내지 행정심판절차의 특례에 해당하는 경우와 간이한 불복절차에 해당하는 경우로 구분된다(공탁법, 상업등기법, 부동산등기법, 질서위반행위규제법, 후견등기에 관한 법률 등과 같이 법원 등에 이의를 제기하는 이의신청절차는 행정불복절차로 보기 어려우므로 개별법상 이의신청제도의 개념 범주에서는 제외된다).

이의신청절차가 특별행정심판에 해당하거나 행정심판절차의 특례에 해당하는 경우, 즉 개별 법에서 정하지 아니한 사항에 대하여는 행정심판법의 규정을 적용받게 된다. 따라서 이 경우에는 이의신청 등을 거친 때에는 행정심판법에 의한 행정심판을 청구할 수 없다. 그러나 이의신청절차가 간이한 불복절차인 경우에는 개별법에서 정하지 아니한 사항에 대하여 행정심판법의 규정을 적용하지 않게 되므로 이러한 유형의 이의신청 등은 행정심판과는 별개의 내부시정제도이다. 이 경우에는 이의신청 등을 거친 때에도 행정심판법에 의한 행정심판을 다시 청구할 수 있다.


그러나 이의신청 등과 행정심판의 관계에 관하여 아무런 규정이 없거나 설사 규정이 있다고 할지라도 불분명한 경우 이를 간이한 불복절차로 볼 것인지 특별행정심판 내지 행정심판의 특례에 해당하는지 문제가 되는데 이에 대해서는 일차적으로 개별법의 규정에 따라야 할 것이다. 개별법의 규정이 명확하지 않은 때에는 행정심판에 해당하지 않는다고 해석하는 것이 타당할 것이다.

참고로 민원사무 처리에 관한 법률 제18조(거부처분에 대한 이의신청) 제1항에서 “민원사항에 대한 행정기관의 장의 거부처분에 불복하는 민원인은 그 거부처분을 받은 날부터 90일 이내에 그 행정기관의 장에게 문서로 이의신청을 할 수 있다.” 규정하고 있으며 개별법상의 관련규정을 통해 이의신청 제도를 활용 할 수 있다. 

그러나 주의할 사항으로는 민원사무처리에 관한 법률에서 정한 민원 이의신청의 대상인 거부처분에 대하여 이의신청을 거친 경우라고 할지라도 제소기간은 이의신청 결과통지를 받은 날부터 기산하지 아니하므로[대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8676판결] 당사자가 이의신청제도를 활용하려다가 행정심판이나 행정소송의 제기기간이 도과되어 보다 정식의 권리구제를 못 받는 불이익이 초래되기도 한다는 점이다,(김용섭, 2015)

행정청의 처분이나 부작위에 대하여 이의신청 제도 활용 시 전문행정사와 상의하면 시간과 절차를 단축하고 논리적이고 설득력있는 신청서면을 작성할 수 있으며 이후 진행과 관련하여 행정법적인 조언을 받을 수 있다. 

◆ 보호명령에 대한 이의신청

제51조(보호) ① 출입국관리공무원은 외국인이 제46조제1항 각 호의 어느 하나에 해당된다고 의심할 만한 상당한 이유가 있고 도주하거나 도주할 염려가 있으면 지방출입국·외국인관서의 장으로부터 보호명령서를 발급받아 그 외국인을 보호할 수 있다. <개정 2014.3.18.>

제52조(보호기간 및 보호장소) ① 제51조에 따라 보호된 외국인의 강제퇴거 대상자 여부를 심사·결정하기 위한 보호기간은 10일 이내로 한다. 다만, 부득이한 사유가 있으면 지방출입국·외국인관서의 장의 허가를 받아 10일을 초과하지 아니하는 범위에서 한 차례만 연장할 수 있다. <개정 2014.3.18.>

제55조(보호에 대한 이의신청) ① 보호명령서에 따라 보호된 사람이나 그의 법정대리인등은 지방출입국·외국인관서의 장을 거쳐 법무부장관에게 보호에 대한 이의신청을 할 수 있다. <개정 2014.3.18.>

제56조의8(청원) ① 피보호자는 보호시설에서의 처우에 대하여 불복하는 경우에는 법무부장관이나 지방출입국·외국인관서의 장에게 청원(請願)할 수 있다. <개정 2014.3.18.>

◆ 강제퇴거관련 이의신청

제60조(이의신청) ① 용의자는 강제퇴거명령에 대하여 이의신청을 하려면 강제퇴거명령서를 받은 날부터 7일 이내에 지방출입국·외국인관서의 장을 거쳐 법무부장관에게 이의신청서를 제출하여야 한다. <개정 2014.3.18.>
  ② 지방출입국·외국인관서의 장은 제1항에 따른 이의신청서를 접수하면 심사결정서와 조사기록을 첨부하여 법무부장관에게 제출하여야 한다. <개정 2014.3.18.>
  ③ 법무부장관은 제1항과 제2항에 따른 이의신청서 등을 접수하면 이의신청이 이유 있는지를 심사결정하여 그 결과를 지방출입국·외국인관서의 장에게 알려야 한다. <개정 2014.3.18.>
  ④ 지방출입국·외국인관서의 장은 법무부장관으로부터 이의신청이 이유 있다는 결정을 통지받으면 지체 없이 용의자에게 그 사실을 알리고, 용의자가 보호되어 있으면 즉시 그 보호를 해제하여야 한다. <개정 2014.3.18.>
  ⑤ 지방출입국·외국인관서의 장은 법무부장관으로부터 이의신청이 이유 없다는 결정을 통지받으면 지체 없이 용의자에게 그 사실을 알려야 한다. <개정 2014.3.18.>
  [전문개정 2010.5.14.]

제21조(이의신청) ① 제18조제2항 또는 제19조에 따라 난민불인정결정을 받은 사람 또는 제22조에 따라 난민인정이 취소 또는 철회된 사람은 그 통지를 받은 날부터 30일 이내에 법무부장관에게 이의신청을 할 수 있다. 이 경우 이의신청서에 이의의 사유를 소명하는 자료를 첨부하여 지방출입국ㆍ외국인관서의 장에게 제출하여야 한다. <개정 2014.3.18.>
  ② 제1항에 따른 이의신청을 한 경우에는 「행정심판법」에 따른 행정심판을 청구할 수 없다.
  ③ 법무부장관은 제1항에 따라 이의신청서를 접수하면 지체 없이 제25조에 따른 난민위원회에 회부하여야 한다.
  ④ 제25조에 따른 난민위원회는 직접 또는 제27조에 따른 난민조사관을 통하여 사실조사를 할 수 있다.
  ⑤ 그 밖에 난민위원회의 심의절차에 대한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다.
  ⑥ 법무부장관은 난민위원회의 심의를 거쳐 제18조에 따라 난민인정 여부를 결정한다.
  ⑦ 법무부장관은 이의신청서를 접수한 날부터 6개월 이내에 이의신청에 대한 결정을 하여야 한다. 다만, 부득이한 사정으로 그 기간 안에 이의신청에 대한 결정을 할 수 없는 경우에는 6개월의 범위에서 기간을 정하여 연장할 수 있다.
  ⑧ 제7항 단서에 따라 이의신청의 심사기간을 연장한 때에는 그 기간이 만료되기 7일 전까지 난민신청자에게 이를 통지하여야 한다.

*<자료출처> 법제처 찾기쉬운생활법령정보(http://oneclick.law.go.kr), 
김용섭(2015). 개별법상 이의신청제도의 현황분석과 입법적 개선과제 - 이의신청 등과 행정심판의 관계정립을 중심으로 ; 행정법이론실무학회